ในกระบวนการศึกษาของโครงการฯ ที่ปรึกษาของโครงการจะได้ดำเนินการใน 5 ส่วนงาน โดยมีรายละเอียดดังนี้
1.1 รวบรวมข้อมูลปริมาณผู้โดยสาร รูปแบบโครงการ แนวเส้นทาง ตำแหน่งสถานีรถไฟฟ้า มูลค่าการลงทุน รวมทั้งสถานะของโครงการในปัจจุบันตาม M-MAP รายละเอียดที่เสนอไว้ใน M-MAP2 Blueprint และโครงการศึกษาออกแบบที่เกี่ยวข้อง
1.2 รวบรวมข้อมูลผังเมืองรวม เส้นทางเดินรถโดยสารประจำทาง เส้นทางเดินเรือโดยสารสาธารณะและโครงข่ายทางถนนในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑลในปัจจุบันและแผนการดําเนินงานในอนาคต
1.3 ศึกษา ทบทวน และเปรียบเทียบแบบจําลองด้านการขนส่งและจราจรทั้งในประเทศและต่างประเทศ
1.4 ศึกษาและวิเคราะห์ผลกระทบต่อระบบขนส่งสาธารณะจากการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) รวมถึงการศึกษาแนวทางการดําเนินงานหลังสถานการณ์การแพร่ระบาดของ COVID-19 สิ้นสุดลง
2.1 ศึกษา รวบรวม และทบทวนข้อมูลผลการสํารวจความต้องการเดินทางและข้อมูลการสัมภาษณ์ตามบ้านเรือน (Home Interview Survey) ของข้อมูลที่มี ณ ปัจจุบัน รวมทั้งพิจารณาการใช้ข้อมูลเพื่อเป็นข้อมูลนําเข้า (Input Data) สำหรับการพัฒนาแบบจําลองฯ จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อให้เกิดการพัฒนาต่อยอดการพัฒนาแบบจําลองฯ ในอนาคต
2.2 สำรวจ และเก็บข้อมูลการเดินทางด้วยวิธี Access Survey, Stated Preference (SP) Survey และ OD Survey โดยพิจารณาจํานวนตัวอย่างการสํารวจและเก็บข้อมูลให้มีจํานวนเพียงพอตามหลักสถิติเพื่อให้เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลเพื่อใช้ในการพัฒนาแบบจําลองฯ อย่างน้อย 7,000 ตัวอย่าง
2.3 กำหนดเงื่อนไขเบื้องต้น (Precondition) สำหรับการพัฒนาแบบจําลองฯ อาทิ Zoning revision, Modal classification และ Transport network LOS setting เป็นต้น
2.4 สอบเทียบ (Calibration) และพิสูจน์ (Validation) แบบจําลองฯ
2.5 ศึกษาแนวทางการพัฒนาแบบจําลองความต้องการเดินทางด้วยระบบรางเชิงกิจกรรม (Railway Activity-Based Model) โดย Railway Activity-Based Model ให้จัดทำในรูปแบบโครงการนําร่อง (Pilot Project) อย่างน้อย 1 พื้นที่ โดยพิจารณาจํานวนตัวอย่างการสํารวจ และเก็บข้อมูลให้มีจํานวนเพียงพอตามหลักสถิติเพื่อให้เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล
2.6 จัดให้มีชุด Software (User Licenses) การพัฒนาแบบจําลองที่เป็นปัจจุบัน จํานวนอย่างน้อย 2 ชุด และครอบคลุมการบำรุงรักษาสิทธิ์ หลังสิ้นสุดสัญญาอย่างน้อย 2 ปี
3.1 วิเคราะห์สถานการณ์ในปัจจุบันและแนวโน้มรูปแบบการเดินทางในเมืองและการขยายตัวของเมืองให้สอดคล้องกับสถานการณ์ปัจจุบันและอนาคต
3.2 วิเคราะห์เพื่อกำหนดประเด็นในการวางแผนพัฒนาโครงข่ายระบบขนส่งมวลชนทางรางในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล (พื้นที่ต่อเนื่อง) ระยะที่ 2
3.3 วิเคราะห์ความจําเป็นและความเหมาะสมของโครงข่ายตามแผน M-MAP ที่ยังไม่ได้ดำเนินการและโครงข่ายเพิ่มเติมตามที่ JICA ได้เสนอไว้ใน M-MAP2 Blueprint
3.4 เสนอแนะโครงข่ายที่เหมาะสมและโครงข่ายใหม่ที่จำเป็นต้องพัฒนาเพิ่มเติมตามผลการวิเคราะห์และคาดการณ์ปริมาณความต้องการเดินทาง ทั้งโครงข่ายระบบขนส่งมวลชนหลักและโครงข่ายระบบขนส่งมวลชนสายรอง เพื่อให้เกิดการบูรณาการร่วมกันกับระบบขนส่งรูปแบบอื่นอย่างไร้รอยต่อ และสามารถเชื่อมโยงการเดินทางระหว่างพื้นที่กรุงเทพฯ ชั้นในกับพื้นที่โดยรอบได้อย่างมีประสิทธิภาพ
3.5 ศึกษาความเหมาะสมเบื้องต้น และวิเคราะห์ความเป็นไปได้ทางวิศวกรรม ความคุ้มค่าทางเศรษฐกิจสังคมและการลงทุนของเส้นทางใหม่ที่มีการเสนอแนะ
3.6 วิเคราะห์และจัดลำดับความสำคัญของโครงการ พร้อมจัดทำแผนพัฒนาและแผนการลงทุนในแต่ละเส้นทางให้สอดคล้องกับสภาวการณ์ในปัจจุบันและอนาคต รวมถึงเสนอแนะพื้นที่หรือจุดที่เหมาะสมในการพัฒนาสิ่งอำนวยความสะดวกในการเชื่อมต่อการเดินทาง (Inter-modal facilities) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการเดินทางด้วยระบบขนส่งสาธารณะ โดยมีระบบรางเป็นระบบหลัก พร้อมออกแบบพื้นที่ดังกล่าวเชิงหลักการเบื้องต้น (Perspective) อย่างน้อย 3 จุด
3.7 เสนอแนะมาตรการ รวมทั้งร่างกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อส่งเสริมและดึงดูดให้ประชาชนปรับเปลี่ยนพฤติกรรมการเดินทางมาใช้ระบบขนส่งมวลชนอย่างเป็นรูปธรรม
3.8 ประเมินความเป็นไปได้ในการใช้มาตรการด้านภาษีสำหรับนิติบุคลหรือบุคคลธรรมดาที่ครอบครองที่ดินหรืออสังหาริมทรัพย์อันเป็นทรัพย์สินของรัฐและมีการใช้ประโยชน์ในเชิงพาณิชย์ที่ได้รับประโยชน์จากการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานทางรางของภาครัฐ พร้อมจัดทำร่างกฎหมายที่เกี่ยวกับการใช้ประโยชน์พื้นที่ตามแนวเส้นทางที่ระบบขนส่งมวลชนดำเนินการก่อสร้างให้เกิดประโยชน์สูงสุดต่อการพัฒนาเมือง
จัดให้มีบุคลากรทำหน้าที่เป็น In-House Technical Arms รับผิดชอบในการให้การสนับสนุนทางด้านวิชาการเทคนิค การวิเคราะห์แบบจําลองด้านการขนส่งและจราจร เพื่อใช้ในการวางแผนและตัดสินใจในการแก้ไขปัญหาด้านการขนส่งและจราจรโดยเข้ามาปฏิบัติหน้าที่ที่กรมการขนส่งทางรางตามความเหมาะสม
5.1 ศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อมเบื้องต้น (Initial Environmental Examination: IEE) ของเส้นทางใหม่ที่มีการเสนอแนะ
5.2 ดําเนินงานการสร้างความเข้าใจและการมีส่วนร่วมของประชาชนตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการรับฟังความคิดเห็นของประชาชน พ.ศ. 2548
5.3 ดำเนินการประชาสัมพันธ์โครงการในภาพรวมและผลิตสื่อประกอบเพื่อใช้เป็นเครื่องมือในการสื่อสารต่อกลุ่มเป้าหมาย เพื่อสร้างความรู้ความเข้าใจต่อสาธารณชน พร้อมทั้งบริหารจัดการเพื่อการเผยแพร่ข่าวสารผ่านสื่อมวลชนที่เหมาะสม